《金阁寺》取材于1950年鹿苑寺僧徒、大谷大学学生林养贤焚烧金阁寺的真实事件 ，描写的是主人公沟口青少年时代的一段经历。他是偏远地方一个寺庙住持的儿子，生来口吃，性情不定。从童年时代起，他就常听父亲讲起京都的金阁寺，在他的心中，金阁寺是世界上最美的存在。后来，父亲送他到金阁寺（鹿苑寺）作学徒。他不是一个顺从的孩子，经常做些“小恶”。在寺庙期间，他入大谷大学学习，认识了有“内翻足”残疾的同学柏木，并很佩服他的人生哲学。后来，他几次和女人邂逅，刚要进行性的接触，金阁的形象就出现在脑海，把性欲淡化为乌有。在一个夜晚，他烧了金阁，离开了寺院。小说的情节虽然清晰、简单，但作者把主人公的人生经历放在美与丑、爱与憎、明与暗、幻与真构成的既环环相生，又步步相克的复杂的叙述结构中，使作品产生了巨大的内在张力，从而有力地烘托三岛由纪夫作为艺术家的反艺术意识，也就是作品的主题意识——美与生命的冲突。